Rok 1998. Tobias Rieper budzi się w szpitalu psychiatrycznym. Nic nie pamięta, nie wie kim jest, co się stało, ani co robi w zakładzie. Podczas ucieczki dowiaduje się o sobie, że potrafi robić tylko jedną rzecz... zabijać. Mija kilkanaście miesięcy. Rieper, znany lepiej pod kryptonimem Agent 47, pracuje dla International Contract Agency, organizacji zajmującej się eliminacją wysoko postawionych przestępców i skorumpowanych polityków. Po serii zamachów, Rieper zaczyna podejrzewać, że zlecenia, które są mu przekazywane są ze sobą w określony sposób powiązane. Prywatne dochodzenie wiedzie go do tajemniczego niemieckiego doktora Otto Wolfganga Ort-Meyera i jego przerażających eksperymentów.